Le fondateur du musée, Yiorgos Markakis, professeur ophtalmologie a l’université et auteur ainsi que sa femme Elsa Markakis, professeur de littérature anglaise ont donne leurs collections ethnographiques pour commencer le musée. Ensemble avec leur fils Yiannis, et l’aide de 4 ouvriers, ils ont commence la construction du musée en 1986. Les deux autres filles du fondateur Ada et Tatiana ont elles aussi contribués a la première partie de la construction, qui se terminera en 1991 et qui est représenté dans le court  film `` Construit avec pierres et rythmes``.